O projecto Escola no Museu pretende optimizar os limitados recursos do Museu e utilizá-los em função das necessidades educativas das escolas (6 aos 10 anos de idade). Parte-se do pressuposto de que uma relação afectiva, regular e duradoura, dos alunos e suas famílias com o Museu, é um trabalho de construção do futuro. Igualmente se considera que este projeto visa colocar o Museu no centro do sistema educativo, ajudando-o a encontrar novos sentidos de intervenção social.